Perbedaan dasar antara PTN-BH dan PTN-BLU adalah sebagai berikut:

– Segi Penetapan status: Penetapan status PTN-BH dilakukan dengan peraturan pemerintah, sedangkan penetapan PTN-BLU dilakukan dengan Keputusan Menteri Keuangan atas usul Menteri Ristek dan Dikti.

– Rujukan pengelolaan: PTN-BH merujuk pada UU PT, PP no. 4 tahun 2014 dengan juknisnya PP tentang Statuta PTN yang bersangkutan. PTN-BLU merujuk pada UU PT, PP no.74 tahun 2012 jo PP no.23 tahun 2005 dengan juknisnya Kepmenkeu tentang penetapan status BLU pada PTN yang bersangkutan.

– Dasar Penetapan Tarif Layanan: Untuk tarif biaya dan layanan, tarif layanan BLU ditetapkan oleh Menteri Keuangan berdasarkan usulan pimpinan BLU dengan mempertimbangkan aspek kontinuitas dan pengembangan layanan, daya beli masyarakat, asas keadilan dan kepatutan, serta kompetisi yang sehat. PTN Badan Hukum menetapkan tarif biaya pendidikan berdasarkan pedoman teknis penetapan tarif yang ditetapkan menteri. Dalam penetapan tarif, PTN Badan Hukum wajib berkonsultasi dengan menteri. Tarif biaya pendidikan ditetapkan dengan mempertimbangkan kemampuan ekonomi mahasiswa, orang tua mahasiswa, atau pihak lain yang membiayai mahasiswa.

– Pola Pelaporan Keuangan: Pendapatan BLU dilaporkan sebagai PNBP, sedangkan pendapatan PTN Badan Hukum bukan merupakan PNBP. Dari segi aset, aset BLU merupakan aset yang harus dikonsolidasikan dalam BMN, sedangkan aset yang diperoleh dari usaha PTN BH menjadi aset PTN BH yang merupakan aset negara yang dipisahkan, sementara aset berupa tanah yang berada dalam penguasaan PTN BH yang diperoleh dari APBN merupakan barang milik negara.

– Penyelenggaraan Prodi: Dari segi otonomi kampus, PTN-BH dapat mandiri dalam membuka dan menutup program studi yang ada di lembaganya, sedangkan PTN-BLU tidak bisa.

– Pengelolaan SDM (pendidik dan tenaga kependidikan): PTN-BH merujuk pada Pasal 25 butir 4 PP no. 4 tahun 2014 yang memberikan kewenangan untuk menetapkan, mengangkat, membina, dan memberhentikan tenaga tetap non-PNS. Untuk PTN-BLU, kewenangan mengangkat tenaga tetap non-PNS terdapat di Pasal 33 PP no. 74 tahun 2012 jo PP no. 23 tahun 2005. Dosen Tetap Non-PNS di PTN-BH ataupun PTN-BLU yang memenuhi persyaratan Pasal 10 Permendikbud no. 84 Tahun 2013 dapat mengusulkan NIDN dengan kriteria yang diatur dalam Permen no. 26 tahun 2015 jo no. 2 tahun 2016 tentang registrasi pendidik. Permendikbud no. 84 Tahun 2013 tentang Pengangkatan Dosen Tetap Non Pegawai Negeri Sipil pada Perguruan Tinggi Negeri dan Dosen Tetap pada Perguruan Tinggi Swasta. Permendikbud no. 26 Tahun 2015 tentang Registrasi Pendidik pada Perguruan Tinggi. Permenristekdikti no. 2 tahun 2016 tentang Perubahan terhadap Permendikbud no. 26 Tahun 2015 dan Lampiran.